V malej horskej dedinke, obklopenej hustými lesmi a vysokými horami, žili dvaja súrodenci, Ema a Filip. Jedného dňa, keď sa hrali na okraji lesa, našli starú, zahmlenú cestu, ktorá nebola na žiadnej mape. Zvedavosť ich zviedla ďalej do neznáma, až sa ocitli v Tajomnej doline, kde hradby stromov skrývali svet plný čarovných bytostí a nástrah.

V Tajomnej doline stretli starú vílu menom Althea, ktorá im prezradila, že dolina je časová pasca a aby sa mohli vrátiť domov, musia nájsť tri stratené kľúče času. Každý kľúč bol strážený rôznymi bytosťami a na rôznych nebezpečných miestach doliny.

Prvý kľúč strážil drak na vrchole Oheňovej hory. Ema a Filip museli prekonať nástrahy lávových riek a učiť sa, ako sa spolupracuje a využíva každého silné stránky. Po dlhom a náročnom výstupe konečne získali prvý kľúč z drápov uspaného draka.

Druhý kľúč bol ukrytý v Zamrznutom jazere, ktoré strážili tajomné vodné nymfy. S pomocou kúziel, ktoré ich naučila víla Althea, sa Ema a Filip ponorili pod ľadovú hladinu. Po prekonaní rôznych vodných skúšok a hádaniek získali druhý kľúč od nymfy jazera.

Posledný kľúč sa nachádzal v Húštinách zmätkov, labyrinte, ktorý neustále menil svoju podobu. Súrodenci museli použiť všetko, čo sa doteraz naučili o dôvere a intuícii, aby našli správnú cestu. Po mnohých hodinách blúdenia a nalézania skrytých správ v prírode, sa im podarilo nájsť posledný kľúč.

S všetkými tromi kľúčmi sa Ema a Filip vrátili k víle Althea, ktorá s ich pomocou otvorila bránu času. Keď prešli bránou, ocitli sa späť na okraji lesa svojej dedinky. Boli šťastní, že sú doma, ale vedeli, že ich dobrodružstvo v Tajomnej doline ich navždy zmenilo.